Antonio Ante se encuentra en la microcuenca del río Chorlaví y del río Ambi y con la presencia de drenajes menores; poseen un caudal permanente durante todo el año, tienen sus orígenes en el cerro Imbabura y el Lago San Pablo respectivamente.

El río Ambi atraviesa el cantón Cotacachi y se constituye en el límite del cantón Antonio Ante por su extremo noroccidental, se ha convertido en el cuerpo receptor de las descargas de agua residual que se generan en los centros poblados.